Salmo trutta L. et génétique...

Décrite pour la première fois par Linné en 1758 sous le nom de Salmo trutta, la truite fario est une espèce endémique des continents eurasiatique et africain. Elle est en effet présente originellement de l’Islande et de la Norvège au nord, jusqu'en Afghanistan à l’est et aux monts de l'Atlas du nord-africain au sud.
Elle a également fait l’objet de nombreuses introductions, principalement au XIXème siècle, en Amérique du Nord et du Sud, en Asie, en Australie, à l'est et au sud de l'Afrique, endroits qui correspondent pour beaucoup à l’ancienne aire d’occupation de l’empire britannique.

Aire de répartition mondiale de la truite (Salmo trutta) d'après Arrowsmith et Pentelow (1965), Frost Brown (1967), MacCrimmon et Marshall (1968), MacCrimmon et al. (1970), Lesel et al. (1971), Hardy (1972),
Boeuf (1986) et Dumont et Mongeot (1989).

Salmo Trutta fait partie des espèces de vertébrés les plus variés au monde avec une richesse génétique bien plus vaste que chez l’homme. Polymorphe, elle possède une grande capacité d’adaptation aux milieux environnants. Il en découle des populations aux traits originaux dont beaucoup demeurent encore méconnus.
Plusieurs dizaines d'espèces existent en Europe mais toutes sont issues de cinq lignées génétiques : atlantique, méditerranéenne, marbrée, adriatique et danubienne. En France continentale, les trois formes ou groupes écologiques que sont la truite fario ou de rivière (Salmo trutta fario), la truite de mer (Salmo trutta trutta) et la truite de lac (Salmo trutta lacustris) appartiennent à une seule et même espèce issue de la lignée atlantique (sud-atlantique et nord-atlantique) et méditerranéenne avec de nombreux sous-groupes propres à chaque grand bassin hydrographique.
La truite ancestrale corse, dénommée abusivement Salmo trutta macrostigma (truite nord-africaine disparue), est quant à elle actuellement considérée comme une sous-espèce issue de la lignée adriatique. Il existe par ailleurs non pas une mais plusieurs formes de truites corses endémiques des six principaux fleuves de l’île.

Une souche ancestrale corse du bassin de l'Asco (cliché : Alphonse Arias)

Cette grande variabilité inter et intra-population de Salmo Trutta se traduit en particulier par une grande diversité phénotype qui transparait notamment au niveau de leur « robe ». Ce sujet suscite toujours autant de discussions et de questions mais selon les résultats des analyses génétiques, il semble que les différences observées ne soit pas toujours un gage d’appartenance, d’autant plus que, hormis certaines têtes de bassin, un métissage est présent dans les formes régionales.
Les progrès en matière de génétique sont aujourd’hui à même de révéler non seulement la diversité naturelle des populations mais aussi de quantifier l’introgression entre truites domestiques et sauvages, phénomène qui constituent une menace majeure, non pas pour la survie de l'espèce, mais pour sa diversité.
Plusieurs projets portant sur la diversité génétique de la truite commune en France ont vu le jour. Le programme GENESALM (2006-2008) avait comme objectif une analyse à l’échelle nationale. Il a permis entre autre de proposer une première cartographie génétique des populations sauvages sur le territoire avec une vision plus claire de la structure de la souche atlantique (Berrebi et Cherbonnel, 2009). A partir de 2011, cette étude a été suivie par le programme GENETRUTTA, initié par la FNPF, qui s’est intéressé à la diversité génétique des truites des bassins versants identifiés.
A titre d’exemple, il a pu être démontré que le bassin versant Garonne présente une diversité génétique des truites qui n’est pas uniforme avec trois lignées principales : Tarn et Dordogne, Lot et Aveyron et Garonne amont.
Dans le cadre de ces programmes, des études ont également été initiées par les FDPPMA à l’échelle de sous-bassins. Ainsi, les travaux dirigés sur le bassin de la Dourbie ont permis de dévoiler une grande diversité génétique et de mettre en lumière un pourcentage d’introgression faible sur l’ensemble du linéaire (grande majorité des truites issue de souches sauvages). Ces résultats confortent d’autant plus la gestion patrimoniale appliquée sur ce bassin.

Cartographie simplifiée des principaux groupes génétiques issue du programme GENELSAM

Ces aspects génétiques de la truite commune apportent donc, comme dans bien des domaines, un nouveau souffle. Les connaissances acquises et futures devront être exploitées pour définir les stratégies à mettre en place dans la gestion des peuplements piscicoles. L’époque des déversements non contrôlés pour satisfaire les pêcheurs en manque de prises est révolue. Il convient sans nul doute aujourd’hui de protéger cette biodiversité en se posant la question du mode de gestion à appliquer en matière de repeuplement piscicole et plus largement la gestion de nos cours d’eau. A ce titre, l’exemple la Dourbie est éloquent avec une préservation de la diversité génétique des truites qui n’est que le « reflet de l’état préservé de la rivière ».

« L’Homme ne fera jamais mieux que la nature ! » Jean Couderc (Président de la FDPPMA de l’Aveyron)

Pour en savoir plus : 

Cartographie génétique des populations sauvages de truites françaises - Programme Genesalm
Structuration géographique de la truite commune (Salmo trutta L.) en France basée sur le séquençage de la région de contrôle mitochondriale
Etude génétique de 18 échantillons de truites de Corse sur 4 marqueurs microsatellites.
Synthèse des études génétique, biologique et morphologique des populations de truites fario du bassin de la Dourbie
Analyse phénotypique des truites fario des Pyrénées Audoises

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